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Tommaso nacque a Sonogi, vicino a Omura, nell'isola meridionale del Giappone chiamata Kyushu, nel 1517 circa, da una famiglia nobile giapponese, se non cristiana, almeno simpatizzante, dato che fu educato presso i gesuiti ad Affina, vicino a Osaka. Nel 1589, entrò nella Compagnia di Gesù e fu ordinato sacerdote a Nagasaki. Subito diventò famoso come predicatore in quella zona, ma venne inviato ad Hakata quando i suoi commenti incisivi sul loro comportamento provocarono l'antagonismo di alcuni giapponesi cristiani a Nagasaki. Fu poi emesso l'editto con cui si bandivano i sacerdoti cattolici dal paese, ed ebbe inizio un periodo di persecuzioni. Assieme ad altri ottanta gesuiti, Tommaso obbedì all'ordine e si recò a Macao, dove rimase per quattro anni.

Nel 1618, decise di riprendere l'attività apostolica e ritornò in Giappone travestito da mercante. In questo modo aveva un gran vantaggio rispetto ai missionari europei: era giapponese e, ammesso che continuasse a travestirsi, poteva muoversi liberamente durante il giorno. Si dice si sia vestito talvolta da artigiano, talvolta come membro di classi ricche e istruite, o da venditore di legna, un modo particolarmente conveniente e discreto per introdursi nelle case dei cristiani.

Non fu facile, tuttavia, dato che questo gli costò assai, dal punto di vista fisico ed emotivo; inoltre vedere tanti confratelli gesuiti condannati a morte per la fede, lo lasciò scoraggiato e depresso. Temendo di vacillare al momento della sua morte, chiese di essere sciolto dai voti. Quando arrivò il permesso, tuttavia, aveva già cambiato idea e chiese di essere riammesso immediatamente, cosa che non fu possibile, anche se i superiori erano ben disposti verso di lui e lo accolsero in probazione, per un periodo di sei anni, durante i quali superò la depressione e lavorò coraggiosamente e instancabilmente. Infine fu riammesso nella Compagnia nel 1626, inviato a Nagasaki, dove fu catturato il 22 luglio dello stesso anno, giorno della festa di S. Maria Maddalena, in occasione della quale si era recato a celebrare la Messa nella casa di Luigi Maki e di suo figlio Giovanni. Inaspettatamente i soldati fecero irruzione nella casa, e arrestarono i tre uomini. Portato davanti al governatore, Tommaso ammise di essere un gesuita, e fu rinchiuso in prigione a Omura; anche Luigi e Giovanni furono incarcerati per aver invitato un sacerdote nella loro casa.

Mentre si trovava in prigione, i membri della famiglia di Tommaso gli fecero visita continuamente, pregandolo di rinunciare alla sua fede e di smettere di disonorarli, ma Tommaso non cedette, insistendo che nulla avrebbe potuto fargli cambiare idea. Alla fine, il 7 settembre, dopo tredici mesi trascorsi in prigione, Tommaso fu portato con Luigi e Giovanni Maki su una collina fuori città e legato su un rogo. Mentre si stava preparando il fuoco, Tommaso incoraggiò gli altri, e quando le fiamme divamparono attorno, li benedisse prima di mettersi silenziosamente a pregare. Secondo un certo numero di testimoni, durante il trapasso gli scoppiò il petto, da cui si levò un'enorme fiamma che poi svanì.

Tommaso fu beatificato da papa Pio IX, il 7 luglio 1867. È celebrato il 6 febbraio insieme con altri che morirono durante questa e altre persecuzioni.

MARTIROLOGIO ROMANO. A Nagasaki in Giappone, beati martiri Tommaso Tsuji, sacerdote della Compagnia di Gesù, Ludovico Maki e suo figlio Giovanni, condannati al rogo in odio alla fede cristiana.