Il Beato Giovanni Beyzym, conosciuto anche come Jan Beyzym, nacque il 15 maggio 1850 a Beyzymy Wielkie, in Volinia, territorio oggi appartenente all'Ucraina. Crebbe in una famiglia polacca e ricevette una solida educazione cristiana. Dopo aver frequentato il ginnasio a Kiev, maturò la vocazione alla vita religiosa e decise di entrare nella Compagnia di Gesù.
Il 10 dicembre 1872 iniziò il noviziato presso i gesuiti di Stara Wieś, vicino a Brzozów. Durante gli anni della formazione approfondì la filosofia e la teologia e si distinse per l'attenzione verso le persone malate e bisognose. In occasione di un'epidemia di colera ottenne dai superiori il permesso di assistere i malati nei villaggi vicini, mostrando già allora quella particolare sensibilità verso gli ultimi che avrebbe caratterizzato tutta la sua vita.
Completati gli studi, Giovanni Beyzym fu ordinato sacerdote il 26 luglio 1881 a Cracovia dal vescovo Albin Dunajewski. Per i successivi diciassette anni svolse il ministero di educatore nei collegi della Compagnia di Gesù a Tarnopol e Chyrów. Insegnò principalmente francese e russo e fu anche prefetto e responsabile dell'infermeria. Il contatto quotidiano con i giovani e con gli ammalati rafforzò in lui il desiderio di dedicarsi completamente a coloro che erano maggiormente emarginati.
Da diversi anni Beyzym sentiva infatti una particolare chiamata alla missione tra i malati di lebbra. Nel 1897 scrisse al superiore generale dei gesuiti chiedendo di poter partire per una missione nella quale avrebbe potuto servire direttamente i lebbrosi. Pur conoscendo bene le condizioni estremamente difficili nelle quali avrebbe dovuto vivere, non si lasciò scoraggiare e continuò a chiedere di essere inviato in missione.
Nel 1898, all'età di quarantotto anni, ottenne finalmente il permesso dei superiori e partì per il Madagascar. Arrivato sull'isola, fu destinato alla cura dei malati di lebbra presso Ambahivoraka, vicino ad Antananarivo. Trovò persone abbandonate, affamate ed emarginate dalla società, spesso prive non soltanto di cure mediche, ma anche delle più elementari condizioni di vita.
Giovanni decise di vivere in mezzo ai malati, condividendone le difficoltà e dedicandosi a loro giorno e notte. Non si limitava all'assistenza spirituale: si occupava personalmente delle loro necessità quotidiane, della cura delle ferite, dell'alimentazione e delle condizioni igieniche. Il suo modo di vivere accanto ai malati rappresentò una scelta straordinariamente coraggiosa per l'epoca.
Ben presto comprese che era necessario costruire una struttura adeguata per accogliere e curare i lebbrosi. Per questo iniziò una vasta opera di raccolta fondi, coinvolgendo soprattutto i suoi connazionali in Polonia e gli emigrati polacchi. Grazie alle offerte ricevute riuscì a realizzare a Marana, presso Fianarantsoa, un ospedale destinato ai malati di lebbra.
La costruzione dell'ospedale iniziò nei primi anni del Novecento e richiese un enorme impegno. Beyzym seguì personalmente il progetto e affrontò numerose difficoltà economiche e organizzative. Finalmente, il 16 agosto 1911, l'ospedale fu inaugurato. La struttura poteva accogliere circa 150 malati e venne dedicata alla Madonna di Częstochowa. L'opera divenne un punto di riferimento per l'assistenza ai lebbrosi e rappresentò una delle prime strutture organizzate di questo genere in Madagascar.
Per Beyzym l'assistenza ai malati non era separata dall'evangelizzazione. Desiderava infatti che ogni persona potesse ricevere contemporaneamente cura del corpo e conforto dello spirito. Considerava ogni malato come una persona dotata di una dignità inviolabile e cercava di restituire a coloro che erano stati emarginati dalla società la speranza e il senso della propria dignità.
La sua attività missionaria fu accompagnata da una profonda devozione alla Vergine Maria, alla quale affidava continuamente il proprio apostolato. La preghiera, l'amore per l'Eucaristia e la fiducia nella Provvidenza sostennero il sacerdote durante gli anni trascorsi accanto ai malati.
Il lavoro incessante, le privazioni e le condizioni climatiche difficili finirono però per compromettere gravemente la sua salute. Giovanni Beyzym si ammalò e le sue condizioni peggiorarono progressivamente. Nonostante la debolezza, continuò a preoccuparsi dei malati e dell'ospedale che aveva costruito.
Il 2 ottobre 1912, a Marana, presso Fianarantsoa, Giovanni Beyzym morì all'età di sessantadue anni. La sua morte suscitò una profonda commozione tra i malati che aveva servito e nella comunità missionaria. Venne sepolto a Marana, accanto alla sua opera missionaria.
La fama della sua santità si diffuse rapidamente sia in Madagascar sia in Polonia. La causa di beatificazione fu introdotta ufficialmente a Cracovia nel 1984 e successivamente anche a Fianarantsoa. Il 21 dicembre 1992 Papa Giovanni Paolo II riconobbe l'eroicità delle sue virtù, dichiarandolo Venerabile.
Il processo proseguì con l'esame di una guarigione attribuita alla sua intercessione. Il 5 luglio 2002 venne promulgato il decreto che riconosceva il miracolo necessario per la beatificazione.
Il 18 agosto 2002, durante la visita apostolica in Polonia, Papa Giovanni Paolo II proclamò Giovanni Beyzym Beato a Cracovia. La Chiesa lo presenta come sacerdote gesuita e missionario che dedicò completamente la propria vita ai malati di lebbra, servendoli con carità e difendendone la dignità.
Le sue reliquie sono oggi venerate sia in Polonia sia in Madagascar, dove rimane particolarmente viva la memoria della sua opera a favore dei lebbrosi. Il suo ospedale di Marana, dedicato alla Madonna di Częstochowa, continua a essere legato alla sua memoria.
La memoria liturgica del Beato Giovanni Beyzym ricorre il 2 ottobre, anniversario della sua morte. È ricordato come sacerdote della Compagnia di Gesù e apostolo dei lebbrosi del Madagascar, esempio di carità cristiana verso gli ultimi e di servizio instancabile ai malati e agli emarginati.