Francesco Kęsy nacque il 13 novembre 1920 a Berlino-Wilmersdorf, in Germania, dove i suoi genitori polacchi, Stanisław e Anna, si trovavano per motivi di lavoro.
Nel 1921 la famiglia tornò in Polonia e si stabilì a Poznań. Francesco era il terzo di cinque figli. Il padre, falegname di professione, trovò lavoro presso una centrale elettrica della città.
Fin da giovane Francesco frequentò l'oratorio salesiano di Poznań, in via Wroniecka, dove ricevette una formazione umana e cristiana secondo lo spirito di San Giovanni Bosco.
Partecipava attivamente alla vita dell'oratorio e alle iniziative organizzate per i giovani. Insieme a Czesław Jóźwiak, Edward Kaźmierski, Edward Klinik e Jarogniew Wojciechowski animava le attività giovanili e partecipava alle associazioni dell'ambiente salesiano.
Francesco maturò anche il desiderio di diventare salesiano. Si preparava infatti a entrare tra gli aspiranti del seminario salesiano di Ląd, ma lo scoppio della guerra gli impedì di proseguire normalmente il proprio cammino.
Era ricordato come un giovane sensibile e di salute fragile, ma allo stesso tempo allegro, tranquillo e sempre disponibile ad aiutare gli altri. Amava particolarmente gli animali e praticava volentieri lo sport.
Il 1º settembre 1939 la Germania nazista invase la Polonia, dando inizio alla Seconda guerra mondiale. Poco dopo Poznań venne occupata e la casa salesiana di via Wroniecka fu requisita dalle autorità tedesche.
Francesco non poté continuare gli studi e trovò lavoro in uno stabilimento industriale. Continuò però a mantenere i rapporti con gli amici dell'oratorio.
I giovani continuarono a incontrarsi, quando possibile, nei giardini e nei boschi nei dintorni della città, mantenendo vive la preghiera e le attività del gruppo. In quel periodo entrarono anche in contatto con la Narodowa Organizacja Bojowa, un'organizzazione clandestina polacca.
Nel settembre 1940 Francesco Kęsy e i suoi quattro amici furono arrestati dalle autorità naziste.
Iniziňiò per loro un lungo periodo di prigionia. Francesco venne sottoposto a interrogatori e trascorse quasi due anni in diverse carceri, passando attraverso Fort VII presso Poznań e gli istituti di detenzione di Poznań, Wronki, Berlino, Zwickau e Dresda.
Durante la prigionia i cinque giovani cercarono di sostenersi reciprocamente e di vivere la loro fede secondo la formazione ricevuta nell'oratorio salesiano. Pregavano il Rosario, recitavano novene a San Giovanni Bosco e a Maria Ausiliatrice e cercavano di mantenere i contatti con le loro famiglie.
Dopo un lungo periodo di detenzione, Francesco Kęsy e i suoi compagni vennero processati e condannati a morte con l'accusa di alto tradimento.
La sentenza li colpì insieme agli altri giovani della Cinquina di Poznań. Francesco, che aveva soltanto ventuno anni, venne trasferito nel carcere di Dresda in attesa dell'esecuzione.
Il giorno della sua morte, Francesco riuscì a far giungere alla famiglia un ultimo messaggio di addio. Nella lettera manifestava la propria serenità di fronte alla morte e affidava i suoi familiari a Dio.
Prima dell'esecuzione poté confessarsi e ricevere l'Eucaristia. Affrontò così gli ultimi momenti della sua vita nella fede che aveva maturato fin dall'adolescenza nell'ambiente salesiano.
Il 24 agosto 1942, Francesco Kęsy fu condotto all'esecuzione nel carcere di Dresda.
Venne decapitato mediante ghigliottina insieme ai suoi quattro amici: Czesław Jóźwiak, Edward Kaźmierski, Edward Klinik e Jarogniew Wojciechowski.
I cinque giovani morirono tutti nello stesso giorno e sono ricordati insieme come la Cinquina di Poznań, uniti dall'amicizia, dalla formazione ricevuta nell'oratorio salesiano e dalla comune esperienza della prigionia durante l'occupazione nazista.
Il 13 giugno 1999, Papa Giovanni Paolo II proclamò Francesco Kęsy Beato insieme agli altri quattro giovani della Cinquina di Poznań e agli altri martiri polacchi della Seconda guerra mondiale.
Il Beato Francesco Kęsy è venerato come laico e martire. La sua memoria ricorre il 24 agosto.