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Nacque a Matera intorno al 1080, ma poco si sa delle sue origini; sebbene alcuni lo identifichino appartenente ad una nobile famiglia, quella degli Scalcione, non si hanno notizie certe circa i suoi genitori.

Quando era ancora un ragazzo Giovanni decise di allontanarsene per dedicare la sua vita a Dio e fu ospitato in un Monastero presso Taranto, nell’isolotto di San Pietro, ma dopo alcune incomprensioni con i monaci presto si allontanò anche da qui e iniziò a vagare per circa due anni in solitudine e penitenza in Calabria e Sicilia.

Tornato a Ginosa, ai confini della Lucania, dove si erano nel frattempo trasferiti i suoi genitori, scelse di non farsi riconoscere e per altri due anni e mezzo condusse vita ascetica privandosi quasi completamente di cibo, bevande e dell'uso della parola. Fondò una comunità di tipo monastico grazie ad un tesoro rinvenuto, suscitando la gelosia ed avidità del conte locale che lo fece imprigionare, ma miracolosamente Giovanni riuscì a liberarsi dalle catene.

Ricominciò a vagare per il Meridione finché sentì una voce che lo esortava a recarsi in Puglia, passando per Bari e per Monte Sant'Angelo, e in questi luoghi fu ispirato da due figure celesti a fondare una nuova congregazione intorno al 1130, a Pulsano, detta degli “Scalzi” la quale passò in poco tempo da 6 a 50 accoliti.

Fondò anche un monastero a Foggia e dopo 10 anni di conduzione morì, il 20 giugno 1139, e lì fu sepolto.

Il suo corpo fu poi trasportato a Pulsano e nel 1830 venne traslato nella cattedrale di Matera. Fu proclamato santo da Alessandro III nel 1177, e le sue reliquie sono custodite in un'artistica urna.

La sua festa si commemora il 20 giugno, e presso la sua casa natale a Matera sorse la chiesa rupestre del Purgatorio Vecchio

MARTIROLOGIO ROMANO. Nel monastero di San Giacomo di Foggia in Puglia, san Giovanni da Matera, abate, che, insigne per austerità di vita e per la predicazione al popolo, fondò sul Gargano la Congregazione di Pulsano di osservanza benedettina.