Nacque a Korczyna in Polonia, da studente prese la decisione di dare la sua vita al servizio di Dio, come lo esprimeva nel suo diario: "Gli ideali della terra impallidiscono, vedo l'ideale della vita nel sacrificio e l'ideale del sacrificio nel sacerdozio." Alla fine del sesto anno, entrò nel Seminario minore e nel 1860 iniziò gli studi in Teologia presso il Seminario maggiore di Przemysl. Membro del Terzo Ordine di San Francisco.
Fu ordinato sacerdote a Przemysl nel 1854. Fu inviato prima a Sambor come sacerdote, ma poi si recò a Roma, per ottenere un dottorato in teologia e diritto canonico. Interessato agli studi ascetici, iniziò a scrivere quella che sarebbe diventata la sua famosa opera: "La vita spirituale".
Rientrato in Polonia fu direttore spirituale del seminario diocesano e successivamente professore presso l'Università Jagellonica, di cui fu rettore, svolgendo un intenso lavoro apostolico volto principalmente ad accrescere la devozione all'Eucaristia e a Maria. In riconoscimento dei suoi valori, gli fu affidata la dignità di Rettore dell'Almae Matris a Cracovia (1882-1883).
Desideroso di realizzare l'ideale di "sacerdote e polacco, che lavora con devozione per il suo popolo", il sacerdote Pelczar non limitò la sua attività al campo della scienza, ma anche al lavoro sociale e caritativo. Era un membro attivo dell'Associazione San Vincenzo de' Paoli e dell'Associazione per l'Educazione Popolare. Durante i 16 anni in cui fu presidente dell'Associazione di educazione popolare, fondò numerose sale di lettura e biblioteche. Questa Associazione promosse numerosi colloqui gratuiti, pubblicò e distribuì più di 100.000 libri tra la gente e aprì una scuola per domestici. Nel 1891, su sua iniziativa, fu creata la "Fraternità dell'Immacolata Vergine Maria, Regina di Polonia", che oltre agli scopi religiosi aveva una dimensione sociale: si occupava della tutela degli artigiani, dei poveri,
Come risposta pastorale alle esigenze del suo tempo, nel 1894 fondò a Cracovia la Congregazione degli Schiavi del Sacro Cuore di Gesù, con l'obiettivo di diffondere la devozione al Sacro Cuore, educare i bambini e prendersi cura dei malati.
Vescovo di Przemysl nel 1899, sede dove trascorse 25 anni. Il suo episcopato fu caratterizzato da una vita esemplare dedita alla riforma spirituale in tutte le aree della sua diocesi. Nonostante la sua salute indebolita, il vescovo Pelczar continuò a svolgere attività religiose e sociali. Per incoraggiare i fedeli a mantenere e rinnovare la loro fede, visitava frequentemente le parrocchie, curava anche la dimensione morale e intellettuale del clero, dando allo stesso tempo un esempio di profonda pietà che si esprimeva nella devozione al Sacro Cuore di Gesù. Aveva una grande devozione al Santissimo Sacramento e invitava i fedeli a partecipare alle celebrazioni eucaristiche. Grazie alle sue diligenze aumentò il numero di nuove chiese e cappelle, furono restaurati anche molti templi. Nonostante le difficili circostanze politiche,
Monsignor Giuseppe Sebastiano conosceva le necessità dei suoi fedeli e circondava con cura i più poveri della sua diocesi. Asili nido per bambini, mense per poveri, ricoveri per senzatetto, preparazione alle faccende domestiche per giovani donne, borse di studio per seminaristi senza risorse finanziarie, sono alcune delle opere esistenti grazie alla loro iniziativa. Si dispiacque per le ingiustizie subite dai lavoratori e si dedicò con determinazione a risolvere alcuni problemi del suo tempo come l'immigrazione e l'alcolismo. Nelle sue lettere pastorali, articoli pubblicati e altri scritti sottolineò la necessità di rispettare rigorosamente l'insegnamento sociale di Papa Leone XIII.
Dotato copiosamente da Dio, non sprecò i talenti ricevuti ma li sviluppò e li moltiplicò. Una delle prove della sua incredibile industria sono i suoi numerosi scritti contenenti opere teologiche e storiche, libri di diritto canonico, manuali, devozionali, lettere pastorali, discorsi e omelie. Monsignor Pelczar morì nella sua diocesi. Rimase nella memoria della gente come un uomo di Dio che, nonostante i tempi difficili che dovette vivere, compì sempre la sua volontà. È stato canonizzato dal SS Giovanni Paolo II il 18 maggio 2003 nella Basilica Vaticana. A Cracovia, San Giuseppe Sebastiano è venerato, in modo speciale, nella Chiesa dei Servi del Sacro Cuore di Gesù, dove si trova la cappella a lui dedicata, le sue reliquie si trovano nella cattedrale di Przemysl.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Przemy l in Polonia, san Giuseppe Sebastiano Pelczar, vescovo, fondatore della Congregazione delle Ancelle del Sacro Cuore di Gesù e insigne maestro di vita spirituale.
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