Tommaso (in lingua spagnola Toms) prende il cognome dalla città di Villanueva de los Infantes, dove fu cresciuto. Suo padre, Tomàs Garda, un minatore, proveniva da Villanueva, così come sua madre, Lucia Martinez de Castellanos. Si trasferirono poi a Fuesillana.
A sedici anni, Tommaso iniziò a frequentare l'università complutense di Alcalà de Henares, fondata dal cardinale Francesco Ximénez de Cisneros. Nel 1508, fu scelto per unirsi al Collegio Sant'Ildefonso. All'età di ventisei anni, fu nominato professore di filosofia, ma nel 1516 lasciò l'università per entrare nell'Ordine degli agostiniani a Salamanca.
Nel 1518, fu ordinato sacerdote e iniziò a predicare. La sua lucidità nelle conferenze, basate sulle opere di Pietro Lombardo e San Tommaso d'Aquino, conquistò gli studenti. Nel 1519, divenne priore e si dedicò al benessere dei frati, anche in ruoli regionali come vicario regionale.
Nel 1534, fu nominato provinciale di Castiglia e inviò il primo gruppo di agostiniani in Messico. Non accettò la nomina ad arcivescovo di Granada, ma nel 1544 fu nominato vescovo di Valencia da Carlo V. Nonostante fosse arcivescovo, continuò a indossare abiti umili.
Si dedicò completamente alla diocesi di Valencia, visitando le chiese e combattendo gli abusi del clero. Nel 1548, convocò un sinodo provinciale per affrontare questi problemi, anticipando le riforme del Concilio di Trento.
Tommaso divenne noto come il "donatore d'elemosine". Ogni giorno aiutava centinaia di persone, mostrando particolare attenzione per i poveri, le giovani spose e gli orfani. Nel 1550, inviò aiuti a una città saccheggiata dai pirati. La sua generosità, sebbene talvolta sfruttata, non lo fece mai desistere nel suo impegno.
In qualità di pastore, prediligeva la persuasione piuttosto che l'autorità. Durante la Inquisizione spagnola, cercò di difendere i neoconvertiti e fondò un collegio per i loro figli.
La sua spiritualità era straordinaria, espressa in preghiera costante. I suoi servitori erano riluttanti a disturbarlo, poiché lo vedevano sempre immerso nella preghiera.
Non partecipò al Concilio di Trento (1551), ma influenzò i vescovi spagnoli affinché sostenessero la riforma della Chiesa. Nel 1555, a causa di una grave malattia, distribuì tutti i suoi beni ai poveri. Morì l'8 settembre 1555 e fu seppellito nella chiesa degli agostiniani di Valencia.
Vissuto come "modello dei vescovi", donatore d'elemosine e padre dei poveri, fu beatificato nel 1618 e canonizzato nel 1658. Le sue reliquie si trovano nella cattedrale di Valencia.
La sua letteratura spirituale influenzò profondamente la spiritualità spagnola e il suo insegnamento sulla Madonna e l'amore di Dio gli valse il titolo di "Bernardo spagnolo". Il suo nome è stato dato a università in Australia, Cuba e Stati Uniti.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Valencia in Spagna, san Tommaso da Villanova, vescovo: eremita sotto la regola di sant’Agostino, accettò per obbedienza l’ufficio episcopale ed eccelse, tra le altre virtù di pastore, per un amore per i poveri così ardente da dilapidare tutto per i bisognosi, senza lasciare per sé neppure un piccolo letto.