Era nato il 15 marzo 1841 a S. Lorenzo di Trevi, in Umbria, figlio di Sebastiano Bonilli e Maria Allegretti. Fece gli studi per il presbiterato e fu ordinato nel 1863, dopo essere già stato nominato parroco nel piccolo e poverissimo villaggio di Cannaiola, dove sarebbe poi rimasto per trentadue anni.
Prese a modello, per la spiritualità di una comunità collocata in un piccolo paese, la Sacra Famiglia di Nazareth. Rinnovò dalle fondamenta la vita religiosa della parrocchia e gradualmente diffuse in tutta Italia la sua dottrina mediante la predicazione, l'organizzazione, l'attività editoriale.
Nel 1884, al fine di prendersi cura dei ragazzi abbandonati della regione, avviò a Cannaiola l'opera del "Piccolo orfanotrofio di Nazareth", che nel 1887 divenne orfanotrofio per ragazze. Affidò a un gruppo di donne la cura delle orfanelle, e l'anno seguente fondò l'Istituto delle Suore della Sacra Famiglia, che rapidamente si diffuse in molte diocesi italiane.
Nel 1893 aprì un ospizio per bambini ciechi, sordi e muti, affidando l'amministrazione alle suore dell'Istituto. Esso fu poi trasferito a Spoleto, una sorte seguita dallo stesso Pietro, che fu in qualche modo consolato dal distacco dai suoi amati parrocchiani con la nomina a canonico della cattedrale, poi a economo e infine a rettore del seminario arcivescovile, con responsabilità di supervisione pastorale di tutte le case religiose dell'archidiocesi. Fu assai richiesto come direttore spirituale; trascorreva molte ore in confessionale ed era noto per lo scrupolo con cui svolgeva il suo ministero.
Nel 1908 papa Pio X gli tributò un'onorificenza pontificia in riconoscimento dei molti servizi da lui resi alla Chiesa. Nonostante la salute malferma visse fino a età avanzata. Morì nelle prime ore del 5 gennaio 1935. Fu beatificato insieme ad altri tre candidati in piazza S. Pietro il 24 aprile 1988.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Spoleto in Umbria, beato Pietro Bonilli, sacerdote, fondatore della Congregazione delle Suore della Sacra Famiglia per l’assistenza e l’educazione delle ragazze bisognose e orfane.
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-San Stanislao Kostka I. O glorioso s. Stanislao, che fino dai primi vostri anni tante amaste la purità da cadere in deliquio ogni qualvolta vi avveniva di udire discorsi men regolati, otteneteci dal Signore la grazia...
-Maria Assunta Vergine immacolata, la cui morte non fu effetto del peccato, ma forza del divin amore, che sciolse da ogni legame il vostro purissimo spirito, sicché libero volasse agli amplessi del vostro divin...
-Santa Chiara O Serafica Santa Chiara, prima discepola del Poverello d' Assisi, che abbandonasti ricchezze ed onori per una vita di sacrificio e di altissima povertà, ottienici da Dio con la grazia che imploriamo...
-Maria Assunta O Vergine Immacolata, Madre di Dio e degli uomini, noi crediamo con tutto il fervore della nostra fede nella tua Assunzione trionfale in anima e corpo al Cielo, dove sei acclamata Regina da tutti i cori...
PREGHIERA AL MATTINOSignore, apri le mie labbra e la mia bocca proclami la tua lode, O Dio, tu sei il mio Dio, all'aurora ti cerco. Di te ha sete l'anima mia, come terra deserta...
Preghiera a San Domenico di GuzmanO ammirabile San Domenico, noi ci rallegriamo con voi nel quale la nobiltà del sangue fu vinta dalla nobiltà della grazia, che investì al battesimo l'anima...
BUONA NOTTEBuona notte, Madonna mia; tu sei la Mamma mia: Immacolata Concezione dammi la santa benedizione: nel nome del Padre e del Figlio e dello Spirito Santo...