Il Beato Agostino Ota, conosciuto anche come Augustinus Ōta, nacque intorno al 1572 sull'isola di Ojika, nell'arcipelago delle Gotō, in Giappone. Proveniva da una famiglia non cristiana e durante la giovinezza ricevette una formazione buddhista presso un monastero di bonzi.
Intorno al 1585 incontrò i missionari gesuiti e si convertì al cristianesimo. Dopo il battesimo mise le proprie conoscenze al servizio dell'evangelizzazione, diventando un prezioso catechista e collaboratore dei missionari. La sua conoscenza del buddhismo gli permetteva infatti di dialogare con la popolazione e di spiegare la fede cristiana con particolare efficacia.
Dopo la morte della moglie, Agostino si dedicò completamente alla diffusione del Vangelo. Collaborò con i Gesuiti nelle isole occidentali del Giappone e svolse attività di catechesi, occupandosi anche dei poveri e degli ammalati.
Fu particolarmente vicino al gesuita Padre Camillo Costanzo, che accompagnò nella sua attività missionaria. Nel periodo in cui la persecuzione contro i cristiani diventava sempre più violenta, Agostino continuò coraggiosamente la propria opera apostolica.
Nel 1621 Agostino Ota accompagnò Padre Camillo Costanzo nelle isole Gotō. I due furono arrestati e imprigionati a Iki.
Durante la prigionia Agostino chiese di poter entrare nella Compagnia di Gesù come fratello laico. La sua richiesta venne accolta e pronunciò i voti poco prima del martirio. Padre Costanzo, che aveva accolto la sua domanda, ricevette i suoi voti alla vigilia della sua esecuzione.
Dopo circa quattro mesi di prigionia, il 10 agosto 1622, Agostino Ota venne condotto al martirio nella città di Iki. Fu decapitato per la sua fede in Cristo e il suo corpo venne successivamente disperso in mare. Il Martirologio Romano lo ricorda come religioso della Compagnia di Gesù e martire.
Il culto di Agostino Ota fu riconosciuto dalla Chiesa nel contesto della beatificazione dei martiri giapponesi. Papa Pio IX lo proclamò Beato il 7 luglio 1867, insieme ad altri martiri della persecuzione in Giappone.