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Si narra che era un diacono di origine ebraica; aiutò san Prosdocimo, primo vescovo di Padova, nel suo apostolato nell'Italia settentrionale e in quella città fu martirizzato.

Secondo la leggenda il martire sarebbe apparso a un cieco di Viterbo invitandolo a chiedere la grazia della vista nell'oratorio di San Prosdócimo, a Padova dove era ubicata la tomba di San Daniele ancora non rinvenuta. Attente ricerche seguirono la guarigione miracolosa, culminata nella scoperta di un'arca di marmo. Il martire vi giaceva esattamente come nel momento in cui era salito al cielo: il corpo, steso orizzontalmente su una tavola di legno e ricoperto da una lastra di marmo, era trafitto con lunghi chiodi. Un'iscrizione diceva: "qui riposa il corpo di Daniele, martire e diacono".

Il vescovo Ulderico, presente a quella prima ricognizione, fece trasportare l'arca il 3 gennaio 1076 nella nuova Cattedrale di Santa Maria, entro le mura cittadine; e per placare l'opposizione dei monaci di Santa Giustina - dove era stato ritrovato il corpo - e degli abitanti del luogo, fece costruire nel luogo dove ora sorge l'omonima chiesa parrocchiale un oratorio dedicato a San Daniele.

Le spoglie del santo furono nuovamente trasferite nel 1592 dall'altare maggiore della vecchia cattedrale ai sotterranei di quella nuova. Quando nel 1953 il luogo fu trasformato in un oratorio invernale, l'arca di Daniele fu liberata dai marmi e dai bronzi che nascondevano quello che era stato originariamente scoperto: un'antica arca romana in marmo di Carrara, che, forse all'epoca della scoperta la vecchia decorazione pagana era stata rimossa ed era stata aggiunta un'enigmatica iscrizione. I gestori hanno decifrato l'iscrizione della leggenda con diverse varianti. Viene festeggiato nella diocesi di Padova come patrono secondario il 3 gennaio, anniversario del primo trasferimento.

MARTIROLOGIO ROMANO. A Padova, commemorazione di san Daniele, diacono e martire.