La chiesa venne edificata nel VIII secolo, sotto il pontificato di Stefano II (752–757), sui resti di un tempio dedicato al Sole. Fu ultimata dal fratello Paolo I, che la affidò ai Benedettini.
Nel XII secolo, papa Innocenzo II trasferì qui la reliquia della testa di San Giovanni Battista, da allora la chiesa assunse la denominazione “in capite”.
Dal XVI secolo in poi, ristrutturazioni successive coinvolsero figure come Francesco da Volterra, Carlo Maderno e Domenico De Rossi, autore della facciata barocca (1703).
L’interno, a navata unica con cappelle laterali, custodisce decorazioni barocche realizzate tra il 1680 e il 1696. Spiccano opere di Ludovico Gimignani, Francesco Trevisani, Orazio Gentileschi e Camillo Rusconi.
La volta, affrescata da Giacinto Brandi, raffigura la Vergine Assunta con i santi Silvestro e Giovanni Battista.
Il cuore di questa chiesa risiede nella sua reliquia più celebre: la parte superiore del cranio di San Giovanni Battista, venerata sin dalla fine del XII secolo.
Non è nota l’origine precisa della reliquia. Il reliquiario attuale è un manufatto composito: