Nel 2009, a pochi mesi dall'annuncio della beatificazione di Don Carlo Gnocchi, la Fondazione che porta il suo nome ha dato il via alla costruzione di una nuova chiesa, destinata a diventare un simbolo di devozione e memoria per il beato. La posa della prima pietra si è tenuta il 2 marzo 2009, alla presenza dell'allora Arcivescovo di Milano, il cardinale Dionigi Tettamanzi. Questo momento segnò l'inizio di un progetto che culminò nella consacrazione della chiesa, avvenuta il 24 ottobre 2010, nel primo anniversario della beatificazione di Don Gnocchi.
La celebrazione solenne, presieduta nuovamente dal cardinale Tettamanzi, radunò una vasta comunità di fedeli presso il Centro “S. Maria Nascente” di Milano. Tra i presenti vi erano alpini, ex allievi, operatori della Fondazione, disabili, malati e i loro familiari, oltre a numerosi fedeli che riconoscono in Don Gnocchi una figura carismatica e spiritualmente significativa.
Un momento di grande rilevanza fu la traslazione dell'urna contenente le spoglie del beato, avvenuta il 27 novembre 2010. L'urna fu portata dagli alpini, come avvenne nei funerali e durante la cerimonia di beatificazione, e deposta ai piedi dell'altare della nuova chiesa per essere venerata dai fedeli. Questo evento, presieduto dal cardinale Giovanni Battista Re, segnò un ulteriore passo nella devozione popolare verso Don Gnocchi.
Due anni più tardi, il 28 febbraio 2012, nel 56esimo anniversario della morte del beato, la diocesi di Milano, sotto la guida del cardinale Angelo Scola, eresse ufficialmente la chiesa a Santuario diocesano del beato Don Carlo Gnocchi. Il Santuario, divenuto luogo di pellegrinaggio e preghiera, viene guidato da un Rettore nominato dall'Arcivescovo, che assume anche il ruolo di cappellano del Centro "S. Maria Nascente". Il primo incarico è stato affidato a don Maurizio Rivolta.
Oltre al Santuario, nell'area dell'ex cappella del Centro, è stato allestito un museo dedicato alla memoria di Don Carlo Gnocchi. Grazie al sostegno della Fondazione Cariplo, il museo ospita una collezione di oggetti personali del beato, tra cui il suo altarino da campo, gli scarponi, il cappello alpino e molti altri ricordi significativi. Il progetto si arricchisce continuamente e invita coloro che possiedono oggetti legati a Don Gnocchi a contattare la Fondazione per contribuire a questa raccolta in costante evoluzione.
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