Sant'Isidoro Gagelin, al secolo François-Isidore Gagelin, nacque il 10 maggio 1799 a Montperreux, nel dipartimento del Doubs, in Francia, nella diocesi di Besançon. Ricevette la prima formazione a Pontarlier e successivamente frequentò il seminario minore di Dole e il seminario maggiore di Besançon, maturando la vocazione al sacerdozio e alla missione. Nel 1819 entrò nel seminario della Società per le Missioni Estere di Parigi.
Il 7 novembre 1820, a soli ventuno anni, lasciò la Francia per dedicarsi all'evangelizzazione dell'Asia. Dopo un lungo viaggio giunse in Cocincina, nell'attuale Vietnam, nel settembre 1821. Fu destinato al seminario di Phuong-Ruou, dove iniziò a insegnare e contemporaneamente approfondì la conoscenza della lingua e della cultura locale, indispensabili per il suo futuro ministero missionario.
Il 28 settembre 1822 fu ordinato sacerdote a Nhut-dong. Dopo l'ordinazione iniziò un'intensa attività pastorale nelle comunità cristiane della regione, continuando anche il suo impegno nell'insegnamento. Nel 1823, a causa delle difficoltà che interessavano il seminario, si trasferì nella Bassa Cocincina, dove visitò le comunità cristiane delle regioni di Ba Ria e Đồng Nai e insegnò nel seminario minore di Lai Thiêu.
Negli anni successivi Gagelin svolse un intenso ministero missionario itinerante. Visitava villaggi e comunità cristiane, amministrava i sacramenti, predicava il Vangelo e si occupava della formazione dei catechisti e dei nuovi convertiti. La sua attività si estese in diverse zone della Cocincina meridionale e successivamente anche nelle regioni centrali del Paese.
Nel 1827 l'imperatore vietnamita Minh Mạng convocò alcuni missionari europei a Huế, capitale imperiale, con il pretesto di utilizzare le loro competenze linguistiche e scientifiche. Gagelin vi giunse il 16 giugno insieme al missionario Jean-Louis Taberd. I due furono sottoposti alla sorveglianza della corte e ricevettero anche proposte di incarichi ufficiali. Gagelin, tuttavia, rifiutò i titoli mandarinati che gli vennero offerti, preferendo rimanere fedele alla propria missione sacerdotale.
Dopo alcuni mesi ottenne il permesso di lasciare Huế e tornò nella Bassa Cocincina. Riprese quindi il suo lavoro missionario, visitando numerose comunità lungo il Mekong e nelle regioni di Mỹ Tho, Vĩnh Long, Châu Đốc e Bạc Liêu. Nel 1829 cercò inoltre di estendere l'attività missionaria verso territori abitati da popolazioni della regione cambogiana. Nel 1830 fu nominato pro-vicario e inviato nelle regioni di Phú Yên, Bình Định e Quảng Ngãi.
La situazione cambiò radicalmente nel 1833, quando l'imperatore Minh Mạng promulgò un nuovo editto generale contro il cristianesimo. Le autorità ordinarono la distruzione delle chiese e intensificarono la ricerca dei missionari stranieri, dei sacerdoti vietnamiti e dei fedeli. Molti cristiani furono arrestati e sottoposti a torture per costringerli ad abbandonare la fede.
Gagelin inizialmente si rifugiò a Phương Hòa. Venuto a conoscenza delle sofferenze dei cristiani e delle apostasie provocate dalla persecuzione, prese una decisione particolarmente coraggiosa: ritenendo che la sua cattura potesse contribuire a porre fine alle persecuzioni e rafforzare i fedeli rimasti, decise di consegnarsi spontaneamente alle autorità. Alla fine di maggio 1833 si presentò al sottoprefetto di Bong-Sơn.
Il 23 agosto 1833 fu trasferito a Huế e rinchiuso in prigione. Durante la detenzione venne sottoposto a diversi interrogatori e a un procedimento giudiziario. Le autorità lo accusarono di aver predicato e diffuso la religione cristiana in diverse regioni dell'impero. La sentenza stabilì per lui la pena di morte mediante strangolamento.
Il 12 ottobre il missionario François Jaccard gli comunicò per lettera la notizia della condanna. Due giorni dopo, il 14 ottobre 1833, Gagelin rispose dalla prigione, manifestando la propria disponibilità ad affrontare il martirio. Le lettere degli ultimi giorni costituiscono una delle testimonianze più significative sulla sua disposizione spirituale di fronte alla morte.
Il 17 ottobre 1833 Isidoro Gagelin fu condotto a Bãi Dâu, presso Huế, dove venne strangolato per la sua fede cristiana. Aveva trentaquattro anni. Il Martirologio Romano lo ricorda come sacerdote della Società per le Missioni Estere di Parigi e martire, ucciso per Cristo sotto l'imperatore Minh Mạng.
Dopo l'esecuzione, i cristiani poterono recuperare il corpo e seppellirlo a Phú Cam. Le reliquie furono successivamente trasferite in Francia. Nel gennaio 1847 furono portate a Parigi e il 9 settembre dello stesso anno vennero ufficialmente riconosciute presso il seminario della Società per le Missioni Estere di Parigi, dove sono tuttora custodite nella cripta.
La causa di beatificazione fu introdotta il 19 giugno 1840 da Papa Gregorio XVI. Isidoro Gagelin fu dichiarato venerabile e il suo martirio venne riconosciuto nel percorso canonico che avrebbe portato alla beatificazione. Il 7 maggio 1900 Papa Leone XIII emanò il breve di beatificazione e il 27 maggio 1900 si svolsero solennemente a Roma le celebrazioni per la sua beatificazione.
Il 19 giugno 1988, Papa Giovanni Paolo II lo canonizzò insieme agli altri martiri vietnamiti già beatificati. Isidoro Gagelin fu così riconosciuto ufficialmente come uno dei Martiri del Vietnam, gruppo comprendente 117 uomini e donne che diedero la vita durante le persecuzioni contro i cristiani nel Paese.
Sant'Isidoro Gagelin è venerato come sacerdote e martire della Società per le Missioni Estere di Parigi. La sua memoria liturgica ricorre il 17 ottobre, anniversario del suo martirio. La sua testimonianza è legata alla storia della prima evangelizzazione del Vietnam e alla persecuzione dei cristiani durante il regno dell'imperatore Minh Mạng.