Bonifacio era figlio di un medico e nacque a Valeria (L'Aquila). Dal 591 fu diacono e amministratore di Gregorio Magno (3 set.). Eletto papa nel 608 seguì gli ideali e la politica del suo grande maestro, trasformò la sua casa in monastero e incoraggiò lo sviluppo del monachesimo nonostante Roma fosse allora travagliata dalla fame e dalla peste. Mantenne buone relazioni con gli imperatori Foca ed Eraclio e grazie all'accordo con il primo poté trasformare il Pantheon, antico tempio pagano romano, in una chiesa dedicata alla B.V. Maria e a tutti i martiri, trasferendovi numerose reliquie e fornendo un esempio significativo di come la Chiesa cercasse di conservare e trasformare gli elementi positivi della cultura pagana. Quella chiesa è oggi chiamata anche S. Maria Rotonda.
Nel 610 tenne un sinodo dei vescovi italiani per dare un ordinamento alla vita e alla disciplina nei monasteri; uno dei partecipanti era Mellito, vescovo di Londra, che tornò in Inghilterra munito dei decreti del sinodo e di lettere per l'arcivescovo Lorenzo di Canterbury, per il re Etelberto del Kent e per tutto il popolo.
Beda riferisce tutto ciò nella sua opera e riporta la trascrizione della lettera di Lorenzo, Mellito e Giusto agli irlandesi, sul tema dell'unità della Chiesa. S. Colombano (23 nov.), citato in questa lettera, vi rispose nel 613 con una missiva indirizzata a Bonifacio, unendo espressioni di devozione e lealtà alla Santa Sede ad accuse di eterodossia (a quanto pare però senza fondamento).
Sembra che nel sollecitare la ritrattazione della condanna dei «tre capitoli» il monaco Colombano, allora ospite del monastero di Bobbio (sull'Appennino ligureemiliano), fosse istigato dal re longobardo ariano Agilulfo. Non ci è pervenuta la risposta di Bonifacio. Dopo la morte fu sepolto in S. Pietro, prima sotto il portico poi nella chiesa; ciò può significare un culto antico, ma le prime testimonianze documentarie risalgono solo alla fine del X II secolo.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Roma presso san Pietro, san Bonifacio IV, papa, che trasformò in chiesa il tempio del Pantheon ottenuto dall’imperatore Foca e lo dedicò a Dio in onore della Beata Maria e di tutti i martiri; fu pieno di meriti anche a riguardo della vita monastica.
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