La Basilica di San Clemente si trova nel rione Monti, a breve distanza dal Colosseo, ed è un perfetto esempio della stratificazione storica romana: sopra è visibile la chiesa alto-medievale (XII secolo), mentre sotto si scoprono livelli più antichi, uno della basilica paleocristiana del IV secolo, e ancora sotto resti romani, inclusa una domus e un tempio/mitreo.
La facciata attuale, sobria ma armoniosa, fu rifatta su progetto di Carlo Fontana nel 1716, sostituendo una più antica terminazione in mattoni. Presenta una finestra centrale sopra il portale, archi preesistenti del portico e colonne antiche reimpiegate.
Alla sinistra della chiesa si erge un campanile barocco del XVIII secolo, che sostituì strutture precedenti. L’ingresso principale è preceduto da un portico (il protiro) incorniciato da colonne provenienti da edifici antichi, e conduce all’atrio, uno spazio con portici e colonne varie, che funge da zona di transizione esterna/interna.
Intorno alla Basilica, il contesto urbano accentua la sua sacralità nascosta: le scale che portano all’interno suggeriscono già una discesa nel passato, nelle epoche sotterranee che compongono il complesso.
Entrando, la basilica superiore è articolata in tre navate, senza transetto; la navata centrale è più ampia, con l’abside semicircolare che accoglie il mosaico absidale principale.
Le navate sono separate da colonne romane di spoglio (cioè colonne recuperate da edifici più antichi), di marmo e granito, con capitelli che spesso hanno stili misti: alcuni ionici, altri più elaborati, alcuni modificati o sostituiti nel corso dei restauri barocchi.
Il pavimento è straordinario: è un disegno in stile cosmatesco, con marmi policromi, dischi (rotae) provenienti da colonne antiche, serpentino, porfido, motivi geometrici e ornati vari. Questo tipo di decorazione è tipica delle chiese romane medievali che incorporavano frammenti antichi.
Nel presbiterio, prima dell’altare, è presente la Schola Cantorum del XII secolo, che originariamente faceva parte della basilica inferiore e fu smontata e ricostruita nella basilica superiore. Essa è delimitata da plutei marmorei, spesso decorati, che servivano al coro.
L’abside maggiore ospita un mosaico da inizio XII secolo: al centro Cristo crocifisso, ai lati la Vergine e San Giovanni Evangelista. La croce è rappresentata come un arbor vitae (albero di vita) che nasce da un cespo di acanto; intorno si muovono girali che contengono figure umane, animali, elementi decorativi vegetali; dodici colombe rappresentano gli apostoli. Sotto il mosaico c’è un affresco del XIV secolo con gli apostoli.
Il soffitto è a cassettoni dorati, decorato con le armi del Papa Clemente XI, con scene affrescate centrali come la Gloria di San Clemente (opera di Giuseppe Chiari) e altre rappresentanti la vita del santo e di Sant’Ignazio. Le cornici in stucco decorano le vele e gli archi del cleristorio.
Ci sono diverse cappelle laterali, ognuna con una storia e decorazioni proprie: la Cappella di Santa Caterina, che contiene affreschi di Masolino da Panicale (XIV-XV secolo), la cappella del Santissimo Sacramento, la cappella di San Cirillo e Metodio (riconoscibile anche per la rilevanza storica / artistica e per le reliquie di San Cirillo), e la cappella di San Domenico. Alcune di queste cappelle furono costruite o rimaneggiate nei secoli (XV-XVII-XVIII).
L’altare maggiore è sorretto da un ciborio medievale; sotto l’altare si trova la tomba o l’urna contenente le reliquie di San Clemente e quelle di Sant’Ignazio.
Scendendo attraverso le scale laterali si accede alla basilica del IV secolo: qui emergono antichi affreschi che decoravano le navate e l’abside, alcuni risalenti all’VIII-IX-XI secolo, visibili in parte nonostante i danni del tempo. Questi affreschi testimoniano come la fede cristiana si sia trasformata e sedimentata nel corso dei secoli.
Più sotto si aprono resti romani: stanze di una domus, corridoi, cortili interni, stuccature antiche, e un mitreo – zona misterica dedicata al culto di Mitra – con il suo ambiente sotterraneo, i relativi ambienti di culto, nicchie e decorazioni spogliate ma suggestive.