Al centro della devozione si trova un'antica tavola dipinta che raffigura la Vergine Maria in trono con il Bambino Gesù, rappresentata nell'atto di allattarlo. Per questo motivo l'immagine è anche collegata al tema della Madonna del Latte.
La tradizione sull'arrivo del quadro è antichissima. Secondo la leggenda, una nave proveniente dall'Oriente, sorpresa da una violenta tempesta nei pressi delle coste siciliane, si sarebbe salvata dopo che i marinai avevano invocato l'intercessione della Vergine. Giunti sani e salvi nella zona di Cala Buguto, presso la baia di Cornino, avrebbero lasciato in dono agli abitanti l'immagine della Madonna, mantenendo il voto fatto durante la tempesta. Le prime testimonianze documentarie relative al culto risalgono comunque al XV secolo, mentre il racconto dello sbarco appartiene alla tradizione popolare.
La venerazione della Madonna di Custonaci si diffuse rapidamente in tutto il territorio dell'Agro Ericino, diventando uno dei principali riferimenti religiosi delle comunità della zona. Nel 1574 papa Gregorio XIII concesse alla città di Monte San Giuliano, l'attuale Erice, il giuspatronato sul santuario.
Nel 1630 il Comune di Monte San Giuliano elesse ufficialmente la Madonna di Custonaci come propria principale Patrona. La devozione continuò a crescere nei secoli successivi e, nel 1752, la sacra immagine ricevette la solenne incoronazione concessa dal Capitolo Vaticano.
Il santuario attuale sorse attraverso successive trasformazioni di un più antico luogo di culto dedicato alla Vergine. Le prime importanti modifiche risalgono al XVI secolo, mentre l'edificio fu ampliato e restaurato più volte nel corso dei secoli.
Tra il 1870 e il 1900 il santuario subì un importante intervento di trasformazione che ne definì in gran parte l'aspetto attuale, con la grande scalinata, la facciata dalle forme neogotiche e il caratteristico sagrato decorato con ciottoli disposti secondo motivi geometrici e floreali.
All'interno della chiesa, nella zona dell'altare maggiore, è custodita la venerata immagine della Madonna. Il santuario conserva inoltre importanti opere d'arte, decorazioni e arredi che testimoniano la lunga storia della devozione mariana nel territorio.
L'origine e l'attribuzione artistica del dipinto sono state oggetto di diverse interpretazioni. La tavola, realizzata su supporto ligneo e dipinta a olio, è stata variamente attribuita nel corso del tempo a differenti artisti e scuole.
Gli studi più recenti hanno evidenziato elementi che collegano l'opera all'ambiente artistico siciliano tra il XV e il XVI secolo. Alcune fonti la attribuiscono a un allievo o alla bottega di Antonello da Messina, mentre altre ipotesi indicano una possibile relazione con Antonello Crescenzio. Per questo motivo l'attribuzione non può essere considerata definitivamente stabilita.
La festa principale della Madonna di Custonaci si celebra ogni anno nell'ultima settimana di agosto, culminando nell'ultimo mercoledì del mese. Le celebrazioni richiamano numerosi fedeli e pellegrini provenienti dalla Sicilia e da altre regioni.
Uno dei momenti più caratteristici è la rievocazione dello Sbarco, che ricorda il tradizionale arrivo dal mare dell'immagine della Vergine. La celebrazione prevede una processione dalla costa verso il santuario e la riproposizione simbolica dell'antica leggenda che lega il quadro alla salvezza dei marinai durante la tempesta.
La festa rappresenta ancora oggi uno dei momenti più importanti della vita religiosa e civile di Custonaci e dell'intero territorio dell'Agro Ericino.
La Madonna di Custonaci continua a essere venerata come Patrona di Custonaci e dell'Agro Ericino. Il santuario rimane un importante centro di pellegrinaggio e la sua immagine rappresenta uno dei simboli religiosi più riconoscibili della Sicilia occidentale.
Maria Santissima di Custonaci è ricordata in modo particolare nell'ultima settimana di agosto, con la festa solenne che culmina nell'ultimo mercoledì del mese.