Pietro Vázquez nacque intorno al 1590-1591 a Verín, in Galizia, nella provincia di Ourense, in Spagna. Fin da giovane intraprese gli studi e maturò la vocazione religiosa, entrando nell'Ordine dei Predicatori presso il convento di Nostra Signora di Atocha a Madrid.
Dopo la formazione religiosa e sacerdotale, manifestò il desiderio di dedicarsi alle missioni dell'Estremo Oriente. Iniziňialmente raggiunse le Filippine, allora importante centro delle missioni cattoliche in Asia, dove si preparò alla futura attività apostolica.
In quegli anni giungevano dall'Asia notizie delle dure persecuzioni contro i cristiani del Giappone. Numerosi missionari erano stati arrestati, torturati e uccisi per la loro fede.
Pietro Vázquez desiderò tuttavia raggiungere quella terra. Nel 1621 partì dalle Filippine e arrivò a Nagasaki, entrando in Giappone in un momento in cui la persecuzione contro il cristianesimo era particolarmente violenta.
Per svolgere il proprio ministero dovette vivere e operare nella clandestinità. Si dedicò all'assistenza dei cristiani perseguitati, amministrando i sacramenti e sostenendo le comunità che cercavano di conservare la fede nonostante i divieti imposti dalle autorità.
La sua attività missionaria si svolse soprattutto nelle regioni di Arima, Ōmura e Nagasaki. Collaborò anche con altri missionari che, come lui, vivevano nascosti e si spostavano continuamente per evitare l'arresto.
Nella primavera del 1623 Pietro Vázquez si trovò in grave pericolo. Secondo la tradizione, dopo il martirio del domenicano Luigi Flores cercò di recuperare e mettere al sicuro il corpo del confratello.
Durante questo periodo venne individuato dalle autorità. Fu arrestato e condotto dapprima nella prigione di Nagasaki, quindi trasferito nel carcere di Ōmura.
Nel carcere di Ōmura Pietro condivise la prigionia con altri missionari e cristiani condannati a morte. Tra essi vi erano il gesuita Michele Carvalho, i francescani Ludovico Sotelo e Ludovico Sasanda, e il catechista e terziario francescano Ludovico Baba.
I cinque prigionieri furono detenuti per molti mesi in condizioni estremamente dure, esposti alle intemperie e privati di quanto era necessario per vivere. La prigionia, tuttavia, rafforzò il loro legame e la loro preparazione al martirio.
Il 24 agosto 1624 giunse l'ordine di esecuzione. Il giorno seguente, 25 agosto 1624, Pietro Vázquez e i suoi quattro compagni furono condotti a Hokobaru, nella regione di Ōmura.
I cinque martiri vennero condannati al rogo e furono bruciati vivi a causa della loro fede in Cristo. Pietro Vázquez morì insieme a Michele Carvalho, Ludovico Sotelo, Ludovico Sasanda e Ludovico Baba, dopo una lunga prigionia durata circa quattordici mesi. Le loro spoglie furono successivamente bruciate nuovamente e le ceneri gettate in mare, per impedire ai cristiani di raccoglierne le reliquie.
Pietro Vázquez fu riconosciuto come uno dei 205 martiri del Giappone, uccisi durante le persecuzioni contro i cristiani tra il XVII secolo e i primi decenni del secolo successivo.
Il 7 luglio 1867, Papa Pio IX lo proclamò Beato insieme agli altri martiri del gruppo.
Il Beato Pietro Vázquez è venerato come sacerdote domenicano e martire. La sua memoria ricorre il 25 agosto.