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Sul finire del mese di settembre 1226, Francesco è portato, dietro sua richiesta, alla Porziuncola. Inviato un ultimo messaggio a S. Chiara e alle suore, chiede ai frati di cantare il verso del Cantico riguardante "Sorella Morte"; chiede poi del pane, lo spezza e ne dà un pezzo a tutti i presenti in segno di pace vicendevole, dicendo: «Ho fatto la mia parte; Cristo vi insegnerà a compiere la vostra».

Mentre tutti i frati stavano intorno a lui, stese sopra loro le mani, intrecciando le braccia in forma di croce (giacché aveva sempre amato questo segno) e benedisse tutti i frati, presenti e assenti, nella potenza e nel nome del Crocifisso. Inoltre aggiunse ancora: «State saldi, o figli tutti, nel timore del Signore e perseverate sempre in esso! E, poiché sta per venire la tentazione e la tribolazione, beati coloro che persevereranno nel cammino iniziato! Quanto a me, mi affretto verso Dio e vi affido tutti alla Sua grazia!,.. Quando, infine, si furono compiuti in lui tutti i misteri, quell'anima santissima, sciolta dal corpo, fu sommersa nell'abisso della chiarità divina e l'uomo beato si addormentò nel Signore. Adagiato sul pavimento e coperto da un vecchio abito, mentre viene letta a voce alta la Passione di Nostro Signore secondo Giovanni, Francesco muore: sono circa le diciannove del 3 ottobre.

Pur avendo egli chiesto espressamente di essere seppellito nel cimitero dei criminali, il suo corpo è deposto nella chiesa di S. Giorgio in Assisi e poi, nel 1230, traslato nella nuova basilica costruita per ordine di frate Elia. Sarà canonizzato già nel 1228, a soli due anni dalla morte, a riprova dell'impatto che egli suscitò e del modo in cui, affrontando con semplicità i principi essenziali del cristianesimo, aveva colpito il sentimento religioso del tempo. È stato salutato come «il santo sulla cui canonizzazione tutte le generazioni successive si sarebbero trovate d'accordo».