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Anatolio era nativo di Alessandria, e sembra si sia messo in evidenza per la prima volta al concilio di Efeso del 431, in cui si oppose ai nestoriani, che sostenevano l'esistenza di due persone distinte in Cristo. Prima di quest'occasione forse fu inviato da S. Cirillo di Alessandria (27 giu.) come suo rappresentante alla corte imperiale di Costantinopoli, e ciò può contribuire a chiarire la sua elezione come patriarca di Costantinopoli, in veste di successore & S. Flaviano (18 feb.), morto a causa delle ferite subite durante il concilio conosciuto come "Latrocinio" di Efeso del 449. Anatolio fu consacrato da Dioscoro di Alessandria, un vescovo monofisita, e questo, assieme alle modalità della sua nomina, spinse qualcuno a dubitare della sua ortodossia. Il papa, S. Leone Magno (10 nov.), mandò dei nunzi per tentare di scoprire se questi dubbi fossero giustificati, e così Anatolio, per provare la sua ortodossia organizzò un sinodo, che accettò formalmente la lettera inviata da Leone a Flaviano, il cosiddetto Torno di Leone, in cui il papa definiva chiaramente la dottrina ortodossa dell'Incarnazione, con un riferimento speciale alle due nature di Cristo. Dopo il sinodo, Anatolio la fece ricopiare e la inviò ai suoi vescovi metropolitani perché fosse accettata. Sperava che questo avrebbe contribuito a ottenere l'approvazione del pontefice e il suo riconoscimento come successore legittimo di Flaviano; Leone tuttavia aveva ancora delle riserve perché Anatolio aveva accettato la consacrazione da un eretico (alla fine accettò di riconoscerlo «più per pietà che per giustizia»). Anatolio ebbe un ruolo importante nel concilio di Calcedonia del 451, in cui si ridefinì la fede secondo gli insegnamenti di Leone e fu anche deposto Dioscoro. Contro il volere dei nunzi papali, il concilio proseguì dichiarando che Costantinopoli era seconda per importanza solo a Roma, come sede episcopale, e che il suo vescovo avrebbe dovuto avere altrettanta importanza come patriarca. Leone si oppose a questo decreto affermando che Alessandria ed Antiochia potevano vantare la loro anzianità rispetto a Costantinopoli e in risposta ad Anatolio, che aveva scritto personalmente per perorare la sua causa, replicò: «Un cattolico, specialmente se è un sacerdote del Signore, non dovrebbe essere corrotto dall'ambizione più di quanto sia coinvolto nell'errore». Il patriarca morì il 3 luglio 458.

In B.T.A. si osserva che non sappiamo nulla della vita privata di Anatolio, sfortunatamente, «poiché la sua carriera pubblica è piuttosto equivoca, per uno che è acclamato come santo». Si rileva anche che Baronio, nella redazione del Martirologio Romano nel XVI secolo, lo condannò «per il modo in cui ricevette l'incarico di governare la sede, per ambizione, per complicità con gli eretici, e anche per altri motivi». Benché i bollandisti abbiano "prosciolto" Anatolio da queste accuse, altri hanno continuato a giudicarlo piuttosto severamente, non tanto mettendo in dubbio l'ortodossia della sua fede, ma perché fu, per temperamento e nella vita pratica, un opportunista (jugie). Il culto è sempre stato molto forte nella Chiesa orientale.

MARTIROLOGIO ROMANO. A Costantinopoli, sant’Anatolio, vescovo, che professò la retta fede nelle due nature di Cristo espressa dal papa san Leone Magno nella lettera a Flaviano e si adoperò per farla ribadire nel Concilio di Calcedonia.