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Nato in Sicilia da famiglia di origine greca, prima di farsi monaco a Palermo era stato sposato e aveva percorso per quasi vent'anni la carriera civile. In seguito fu nominato tesoriere della Chiesa a Roma e succedette a Dono nel papato nel 678.

In una Roma molto travagliata e indebolita da successive invasioni barbariche egli scrisse: «preserviamo la fede che i nostri padri ci hanno trasmesso».

Ereditò una situazione difficile anche sul piano della fede cristologica, relativamente al problema delle volontà in Cristo: ci si chiedeva se si potesse affermare in Cristo una volontà umana separata da quella divina. La questione monotelita (dal greco thelema, che significa volontà) divampò per molti decenni, specialmente nell'Africa bizantina, e causò spaccature tra papi e imperatori, nonché la morte di Massimo il Confessore, torturato e processato per alto tradimento. Agatone convocò a Roma, nel 679, un sinodo che affermò in un documento l'esistenza di due volontà in Cristo.

L'imperatore Costante II allora convocò per l'anno seguente un concilio ecumenico a Costantinopoli, che egli stesso presiedette. Agatone inviò legati per comunicare il pensiero di Roma, voce dell'ortodossia tradizionale, scusandosi amabilmente per la qualità scadente del loro greco: «non si possono coltivare le finezze della lingua mentre i nostri paesi sono vessati dalla furia delle nazioni barbare [...] la nostra vita trascorre tra allarmi continui, e la nostra sussistenza è affidata al lavoro delle nostre mani». Benché sostenuto con un linguaggio goffo, il punto di vista papale, era comunque espresso in modo fermo nella missiva di Agatone: la tradizione di Roma, egli scrive, è «riconosciuta da tutta la Chiesa cattolica come madre e maestra di tutte le Chiese, e deriva la sua superiore autorità da S. Pietro, il principe degli apostoli, al quale Cristo affidò l'intero gregge, con la promessa che la sua fede non sarebbe mai venuta meno».

La posizione del pontefice fu accettata dal concilio, che condannò le formulazioni monotelite e i loro seguaci. Sei vescovi rifiutarono di accettare la decisione conciliare, ma non ne derivarono scismi; la controversia, in origine principalmente di natura politica, si ridusse per molto tempo a un sofisma terminologico, e con l'andar del tempo si esaurì.

Agatone morì nel 681 prima che il concilio di Costantinopoli avesse definito le sue deliberazioni.

MARTIROLOGIO ROMANO. A Roma presso san Pietro, deposizione di sant’Agatone, papa, che contro gli errori dei monoteliti custodì integra la fede e promosse con dei sinodi l’unità della Chiesa.