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Agapito era figlio di un sacerdote aristocratico romano ed era arcidiacono presso la chiesa dei SS. Giovanni e Paolo quando fu eletto alla successione di Giovanni II nel 535. Era un uomo erudito, nella sua biblioteca custodiva le opere dei Padri, ed era amico dello scrittore e statista Cassiodoro (ca. 490-580), assieme a cui progettò un'università per Roma, sul modello di quella di Alessandria. Era energico e indipendente di carattere. Come sacerdote si era opposto alla pratica secondo cui un papa poteva scegliersi il proprio successore e come papa intraprese la linea dura contro chi, convertitosi dall'eresia, assumeva incarichi all'interno della Chiesa, sostenendo la sua visione anche quando l'imperatore Giustiniano gli chiese di comportarsi con indulgenza con gli ariani convertiti. Era già anziano, tanto che il suo pontificato durò solo undici mesi, gran parte dei quali occupati da una missione a Costantinopoli, intrapresa su incarico del re ostrogoto in Italia, Teodato. La missione, tesa a dissuadere l'imperatore Giustiniano dall'invadere l'Italia, si rivelò un fallimento politico, anche se Agapito riuscì a difendere la dottrina ortodossa. Persuase l'imperatore a sollevare dall'incarico il patriarca di Costantinopoli, Antimo, sostenitore della dottrina monofisita secondo cui Cristo aveva solo una natura, quella divina. Il papa consacrò poi S. Mena (25 ago.) nuovo patriarca. Agapito morì a Costantinopoli e il suo corpo fu riportato a Roma e sepolto in S. Pietro. Fu descritto da papa S. Gregorio Magno (3 set.) come «araldo del Vangelo e messaggero di giustizia».

MARTIROLOGIO ROMANO. A Costantinopoli, anniversario della morte di sant’Agápito I, papa, che si adoperò con fermezza perché il vescovo di Roma fosse eletto liberamente dal clero dell’Urbe e la dignità della Chiesa fosse ovunque rispettata; mandato poi dal re dei Goti Teódoto a Costantinopoli presso l’imperatore Giustiniano, difese la retta fede e ordinò Mena vescovo della città, dove riposò nella pace.