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San Rufino di Assisi è venerato come il principale patrono della diocesi di Assisi, sebbene molti pensino erroneamente che tale ruolo appartenga a San Francesco. La sua figura è centrale per la storia religiosa della città, tanto che la cattedrale di Assisi, fin dalla prima metà dell'XI secolo, è a lui dedicata.

Secondo una "passio" risalente al IX secolo, Rufino sarebbe stato vescovo di Amasia, una città situata nella regione del Ponto, nell'attuale Turchia. Dopo aver convertito al cristianesimo il proconsole della sua città, si sarebbe trasferito nella regione dei Marsi, in Abruzzo, con suo figlio Cesidio. Qui, avrebbe consacrato una chiesa, affidandone la custodia al figlio, mentre lui avrebbe continuato il suo viaggio fino ad Assisi per predicare il Vangelo.

Ad Assisi, però, Rufino fu scoperto dal proconsole Aspasio, che, riconoscendolo come cristiano, lo sottopose a vari supplizi prima di condannarlo a morte. Secondo la tradizione, Rufino morì martire, gettato nel fiume con una pietra legata al collo. Il luogo del suo martirio viene identificato con Costano, un paese della diocesi di Assisi, ora parte del comune di Bastia Umbra, situato sulle rive del fiume Chiascio.

Una pergamena del 1038 testimonia che a Costano esisteva già una chiesa dedicata a San Rufino martire. Il suo corpo fu successivamente trasportato da Costano ad Assisi, dove ora sorge la cattedrale a lui intitolata. Questa cattedrale, eretta nel XII secolo per opera di Giovanni da Gubbio, è la terza costruita sulla tomba del vescovo martire. La prima cattedrale, secondo una lapide conservata nella navata sinistra della chiesa attuale e un documento del 1007, risalirebbe al 412.

San Pier Damiani, in un celebre sermone dedicato a San Rufino, menziona una seconda cattedrale, costruita nell'XI secolo dal vescovo Ugo di Assisi, in occasione del trasporto del sarcofago contenente le ossa del santo martire. La cripta di questa seconda cattedrale esiste ancora oggi sotto l'attuale cattedrale e custodisce il sarcofago dell'epoca.

La celebrazione liturgica di San Rufino, già dal XI secolo, era fissata all'11 agosto. Tuttavia, per evitare la sovrapposizione con i festeggiamenti in onore di Santa Chiara, la festa è stata spostata al 12 agosto. Errori di trascrizione nei Martirologi successivi hanno collocato la celebrazione al 30 luglio, ma ad Assisi si è sempre mantenuta la data di agosto.

L'iconografia di San Rufino è particolarmente vasta, soprattutto ad Assisi, dove è rappresentato in numerose chiese della diocesi, incluse quelle francescane. La raffigurazione più antica è una scultura risalente al XII secolo, posta nella lunetta sopra il portale della cattedrale di Assisi.