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Nacque ad Alessandria fu discepolo di Origene e poi successore di Sant'Eracle nella direzione della scuola di Alessandria, nonché dell'episcopato. Fu patriarca di Alessandria dal 247 al 265. Scampò alla persecuzione di Decio grazie alla liberazione di alcuni cristiani e si rifugiò nel deserto libico. Nel 257 fu esiliato al tempo di Valeriano, ma ciò non gli impedì di esercitare la sua attività pastorale sulla sua lontana comunità, ma tornò ad Alessandria dopo l'editto di tolleranza di Galieno nel 260. Il suo tentativo di nascondersi fu criticato da alcuni vescovi come Germano però fu avvisato in quel momento che i cristiani, se avessero potuto, sarebbero fuggiti dalle persecuzioni.

Sviluppò una grande attività nella sua lotta contro gli eretici, in particolare contro Sabellio, i millennialisti e Paolo di Samosata. Scrisse della sua esperienza prima del martirio dei cristiani di Alessandria, per mezzo di lettere, che poi Eusebio riprese per scrivere la sua "Storia della Chiesa". Sant'Atanasio d'Alessandria lo definisce: "il maestro di tutta la Chiesa". I suoi "Atti di confronto ed esilio" sono stati poco manipolati. Ebbe un'intensa corrispondenza con papa san Dioniso I. Mantenne un atteggiamento moderato sulla questione della "lapsis" (cristiani che, sotto la minaccia delle persecuzioni, compirono atti di adorazione verso gli dèi pagani) e si oppose al novazianismo. Fu il primo vescovo di Alessandria a indirizzare annualmente le cosiddette "Lettere festive" alle chiese d'Egitto, in cui l'indicazione della data esatta della Pasqua di quegli anni era occasione di esortazione di tono pastorale.

Morì ad Alessandria dopo aver governato la sua diocesi con grande prudenza e santità per diciassette anni. San Epifanio racconta che la sua memoria si è conservata in città grazie ad una chiesa a lui dedicata, ma soprattutto, grazie alle sue virtù e ai suoi scritti. Il nome di San Dioniso compare nel canone delle Messe maronita e siriana.

MARTIROLOGIO ROMANO. Ad Alessandria d’Egitto, san Dionigi, vescovo, che, uomo di grande cultura, insigne per avere più volte professato la fede e mirabile per la varietà dei patimenti e delle torture subite, carico di giorni morì confessore della fede al tempo degli imperatori Valeriano e Gallieno.