Anna Schäffer nacque il 18 febbraio 1882 a Mindelstetten, in Baviera, nella diocesi di Ratisbona, in una famiglia semplice e numerosa. Era figlia del falegname Michael Schäffer e di Therese Forster e fin dall'infanzia si distinse per la sua profonda fede, la semplicità e la dedizione alla preghiera. Ricevette una buona educazione elementare e, ancora giovanissima, maturò il desiderio di consacrarsi a Dio come religiosa missionaria.
La situazione economica della famiglia, tuttavia, non le permetteva di realizzare immediatamente il suo progetto. Dopo la morte prematura del padre, avvenuta nel 1896, Anna dovette contribuire al sostentamento della famiglia. A soli tredici anni iniziò quindi a lavorare come domestica presso diverse famiglie, cercando nello stesso tempo di mettere da parte quanto necessario per poter entrare in un istituto religioso.
Nel corso degli anni prestò servizio anche presso famiglie nelle quali si occupava di persone malate. La sua vita sembrava dunque orientata verso la vita religiosa e missionaria che aveva sempre desiderato. Ma il 4 febbraio 1901 avvenne l'episodio che avrebbe cambiato radicalmente la sua esistenza. Mentre lavorava nel lavatoio del luogo in cui prestava servizio, cercò di sistemare un tubo della stufa. Perse l'equilibrio e cadde con le gambe in una vasca contenente acqua e liscivia bollente, riportando gravissime ustioni.
I medici tentarono a lungo di curarla, ma le ferite alle gambe non guarirono. Dopo numerosi trattamenti e ricoveri, nel maggio 1902 Anna fu considerata inguaribile e tornò a Mindelstetten. Da quel momento rimase quasi completamente immobilizzata e fu costretta a trascorrere il resto della sua vita a letto, assistita dalla madre.
Quella che avrebbe potuto essere per lei una vita segnata soltanto dalla disperazione e dalla sofferenza divenne progressivamente un cammino spirituale. Anna comprese la propria malattia alla luce della passione di Cristo e cercò di unire le sue sofferenze a quelle del Signore, offrendole per la salvezza delle anime e per il bene degli altri. Il suo letto divenne così il luogo della sua missione.
Nonostante le terribili sofferenze fisiche e la povertà nella quale viveva, Anna sviluppò una profonda vita interiore. Trascorreva molte ore nella preghiera e riceveva quotidianamente la Santa Comunione. Il suo parroco, don Carl Rieger, si recava da lei per portarle l'Eucaristia. Intorno alla sua persona iniziò inoltre a formarsi una crescente fama di santità.
Anna non si limitò alla preghiera. Dal suo letto continuò a svolgere un intenso apostolato attraverso la corrispondenza. Numerose persone le scrivevano dalla Germania e dall'estero chiedendo preghiere, consigli e conforto nelle difficoltà. Pur vivendo confinata nella sua stanza, riuscì così a raggiungere spiritualmente molte persone. Papa Giovanni Paolo II, durante la sua beatificazione, sottolineò proprio come il suo letto di dolore fosse diventato il centro di un ampio apostolato.
Anna si dedicò inoltre al ricamo e alla realizzazione di lavori destinati alle chiese. Anche attraverso queste attività cercava di vivere la propria vocazione al servizio di Dio. La sua spiritualità era profondamente incentrata sulla croce, sull'Eucaristia e sull'offerta della sofferenza.
Negli ultimi anni le sue condizioni di salute peggiorarono ulteriormente. Le gambe divennero paralizzate e Anna fu colpita anche da una grave malattia. Le sofferenze aumentarono, ma ella continuò ad affidarsi a Dio. La sua vita divenne per molti un esempio di fede vissuta nella prova e di abbandono alla volontà divina.
Anna Schäffer morì a Mindelstetten il 5 ottobre 1925, all'età di quarantatré anni. La sua morte suscitò una grande impressione tra gli abitanti del paese, che già durante la sua vita avevano riconosciuto in lei una donna di profonda fede. La sua tomba divenne progressivamente meta di pellegrinaggi e la fama della sua santità continuò a diffondersi.
Il processo di beatificazione iniziò ufficialmente nel 1973 presso la diocesi di Ratisbona. Nel 1995 Papa Giovanni Paolo II riconobbe l'eroicità delle sue virtù. Un miracolo attribuito alla sua intercessione portò alla beatificazione il 7 marzo 1999, celebrata da Giovanni Paolo II.
Per la canonizzazione venne riconosciuta come inspiegabile dal punto di vista scientifico una guarigione attribuita alla sua intercessione. Dopo il positivo esame da parte della Consulta Medica, dei teologi e dei cardinali e vescovi, Papa Benedetto XVI canonizzò Anna Schäffer il 21 ottobre 2012 in Piazza San Pietro, iscrivendola nel catalogo dei santi della Chiesa cattolica.
La memoria liturgica di Santa Anna Schäffer si celebra il 5 ottobre. La Chiesa la ricorda come vergine e laica, testimone di una fede profondamente vissuta nella sofferenza, nella preghiera, nella povertà e nell'offerta della propria vita a Dio.