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Nacque in Germania e completò la sua formazione nella diocesi di Costanza. Fu ordinato sacerdote nella diocesi di Coira, nel 719, dal vescovo Voltranno, che lo nominò nel 720 abate di un monastero di regola colombaniana fondato nel 612 dal monaco irlandese San Gallo, allora in pessime condizioni, per restaurare la comunità e l'edificio, che aveva molto sofferto per le incursioni dei Franchi.

L'abbazia iniziò un nuovo periodo di prosperità, che presto divenne il più importante dei monasteri svizzeri. Lì fondò un piccolo ospedale per lebbrosi, che divenne il più antico lebbrosario documentato in Svizzera.

Dopo la sconfitta degli Alemanni nel 746 e la scomparsa del ducato, nel 747, sotto le pressioni di Pipino il Breve, fu introdotta da Otmar anche nel monastero di San Gallo la Regola benedettina, abbandonando quella precedente adottata da san Colombano, futuro abate di Bobbio, il che corrispondeva alla strategia carolingia di imporre l'unificazione delle chiese del regno anche a livello monastico, lasciando però uno strascico tra i monaci colombaniani. Poiché Otmar si adeguò, il monastero fu in risposta ricompensato con donazioni di terre.

Lo sviluppo del patrimonio abbaziale dette luogo a gravi disordini che hanno avuto ripercussioni nel monastero e nella caduta di Otmaro. Fu perseguitato da due conti carolingi della zona e ingiustamente calunniato e condannato all'esilio da un tribunale ecclesiastico presieduto dal vescovo di Costanza, Sidonio, che, a quanto pare, voleva avere maggiore influenza sul monastero e farne una fondazione episcopale. Otmar fu accusato, da un falso testimone, di non aver votato. Fu esiliato in una piccola isola del Reno, dove sopportò questa situazione con grande pazienza. Morì in esilio poco dopo. Il suo corpo riposa nell'abbazia di San Gallo e nella sua tomba avvenero molti miracoli.

MARTIROLOGIO ROMANO. Nel territorio dell’odierna Svizzera, sant’Otmaro, abate, che nel luogo della cella costruita da san Gallo fondò un piccolo lebbrosario e un monastero sotto l’osservanza della regola di san Benedetto e, per averne difeso i diritti, fu poi deportato dai potenti vicini nell’isola di Werden sul Reno, dove morì esule.